В 5 веке Рим пал. Период 5 – 10 века в истории Молдовы и евреев, проживавших на этой территории, не понятен. Однако среди племён, проходивших или пытавшихся присоединить эту территорию – хазары. Хазарский каганат исповедует иудаизм с 7 века нашей эры.

Пограничные территории современной Молдовы входили в государства, где евреи жили, начиная с 10 века. Это Киевская Русь (Украина). Польско-Литовскому царству принадлежали территории современных Сорок и Атак. Власть Польши в 12 веке распространялась до Крыма, где существовали караимские крепости.

Первое упоминание о еврейской общине Молдовы относится к 14 веку. К этому времени относятся и самые старые захоронения на еврейском кладбище Оргеева – самом старом в Молдове и одном из самых старых в Европе.

В конце 18 века на левом берегу Днестра появился целый ряд русских военных городков – крепостей – Дубоссары, Рыбница, Тирасполь и т.д. В них появились и еврейские общины.

В 1812 году Бессарабия стала частью Российской империи. К тому времени на её территории проживало 5000 еврейских семей (30 – 50 тысяч человек). Ряд льгот для евреев Бессарабской губернии, в частности, право на покупку и аренду земли, привели к росту еврейского населения. К концу 19 века в Бессарабии проживало около 230 тысяч евреев, или 12% от общего населения губернии. Евреи занимали значительное положение в экономической жизни губернии, занимались табаководством, виноградарством и виноделием, арендой и обработкой земли и т.д. Евреи проживали более чем в 100 населённых пунктах губернии. В некоторых городах губернии более 50% населения составляли евреи (Бельцы, Сороки, Оргеев и т.д).

Погромы 19 века, прокатившиеся по Украине, обошли Бессарабию стороной. Однако, обострившиеся экономические противоречия, участие еврейской молодёжи в революционных организациях (Искра), и, главное, антисемитское издание, ежедневная газета «Бессарабец» спровоцировали в апреле 1903 года кровавый погром в Кишинёве.

Убийства и массовые зверства Кишинёвского погрома всколыхнули всю общественность России и Европы. С осуждением погрома выступили Толстой и Короленко, Герцль и Жаботинский, др. В результате погрома погибло 49 человек, более 500 получили ранения, разрушено 1/3 жилищ. Безнаказанность погромщиков (осуждено к небольшим срокам 9 человек) и антисемитизм властей привёл к тому, что погромы, прокатившиеся по черте оседлости в 1905 году носили кровавый характер и сопровождались массовыми зверствами. Затронули погромы 1905 года и Бессарабскую губернию – Кишинёв, Тирасполь, Калараш и т.д.

В 1918 году Бессарабия стала частью Румынии, а левый берег Днестра – СССР. В 1940 году Бессарабия перешла в состав СССР. К тому моменту там и на левом берегу проживало от 300 до 400 тысяч евреев.

Во время войны, территория Молдовы была оккупирована румынскими и немецкими войсками. На территории Молдовы были гетто, в городах и местечках устраивали кровавые погромы, евреи высылались на территорию Транснистрии где абсолютное большинство погибло.

По разным данным, жертвами Холокоста на территории Молдовы стали от 100 до 350 тысяч евреев.

После войны евреи стали возвращаться в Молдову. По данным переписи 1959 года, в Молдове проживало около 100 тысяч евреев или 3,3% населения республики.

В результате эмиграции, еврейское население значительно уменьшилось. Однако ряд экспертных оценок показывает, что сегодня в стране проживает не менее 25 тысяч евреев и членов их семей.

В 90-е годы прошлого века стала возобновляться деятельность еврейских общин.